Natriumheksafluoroaluminaatti on biokemiallinen aine proteomiikan tutkimukseen. Alumiinisulatat käyttävät sitä sulatteena tai kylpymateriaalina alumiinin tuotannossa. Sitä käytetään myös synteettisten hartsien valmistuksessa hioma-aineille sekä leikkaus- tai hiomalaikkojen valmistukseen. Vähäiset käyttötarkoitukset ovat väriaineena (opasifikaattorina) lasi-, keramiikka- ja pyroteknisessä teollisuudessa. Sitä esiintyy luonnossa mineraali kryoliittina, jota käytetään laajasti alumiinin teollisessa tuotannossa.
Säilytä viileässä. Säilytettävä tiiviisti suljettuna kuivassa ja hyvin ilmastoidussa paikassa. Säilytä huoneenlämmössä.